Ο Κώστας Φωτάκης, ο οποίος ανακοίνωσε ορισμένες τροποποιήσεις στα επιμέρους άρθρα του νομοσχεδίου, διευκρίνισε ότι θα υπάρξει ένα μεταβατικό στάδιο, περίπου 4 μηνών, μέχρι να συσταθεί το διοικητικό συμβούλιο του Ιδρύματος, τα μέλη του οποίου θα εκλεγούν από τα Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα και τα ερευνητικά κέντρα της χώρας. Μέχρι τότε το Ίδρυμα θα εποπτεύεται προσωρινά από τον αρμόδιο υπουργό.

Στόχος του υπουργείου με το νομοσχέδιο αυτό, πρόσθεσε, είναι να εκχωρηθεί στην επιστημονική κοινότητα η διαμόρφωση μιας εθνικής στρατηγικής στους κρίσιμους τομείς της έρευνας και της καινοτομίας και η διαχείριση των πόρων από το ΕΛΙΔΕΚ θα γίνεται με απόλυτη διαφάνεια και με κύριο γνώμονα την επιστημονική ποιότητα και αριστεία. Ο Κώστας Φωτάκης αποσαφήνισε για άλλη μια φορά ότι το Ίδρυμα θα λειτουργεί συμπληρωματικά με τη γενική γραμματεία Έρευνας και Τεχνολογίας, η οποία θα συνεχίσει την αυτόνομη λειτουργία της.

Στην τοποθέτησή του ο εισηγητής της πλειοψηφίας Κώστας Γιαβρόγλου υπεραμύνθηκε των άρθρων του νομοσχεδίου, σημειώνοντας ότι σηματοδοτεί μια αναπτυξιακή πρωτοβουλία και κάλεσε τους βουλευτές της αντιπολίτευσης να συμβάλουν στην ψήφισή του.

Από την πλευρά τους οι εισηγητές των κομμάτων της αντιπολίτευσης αν και παραδέχθηκαν ότι η επιστημονική έρευνα αποτελεί μοχλό ανάπτυξης, άσκησαν κριτική στις προθέσεις της κυβέρνησης για τη σύσταση του εν λόγω Ιδρύματος, αφήνοντας να εννοηθεί ότι σκοπός του είναι η εξυπηρέτηση κομματικών σκοπιμοτήτων. Υποστήριξαν ότι δεν έχει διασφαλισθεί η συνέχεια της λειτουργίας του Ιδρύματος, το οποίο χαρακτήρισαν υπουργοκεντρικό, ότι δεν υπάρχει οικονομοτεχνική μελέτη του Γενικού Λογιστηρίου του κράτους και ότι τη δουλειά που καλείται να κάνει το Ίδρυμα την φέρνει επάξια εις πέρας επί δεκαετίας η ΓΓΕΤ, η οποία πρέπει να ενισχυθεί και οικονομικά και με επιπλέον προσωπικό.