Ο Μ. Φιλιππάκης συνελήφθη μαζί με το υιό του, και του ασκήθηκε ποινική δίωξη για αντίσταση κατά της αρχής, παρακώλυση συγκοινωνιών, απρόκλητες σωματικές βλάβες και η δίκη είναι προγραμματισμένη για την Πέμπτη 6/6/2013.
Από το Νοέμβριο του 2012 (λόγω των διατάξεων του 3ου μνημονίου) τέθηκε από την υπηρεσία του σε αργία, παρά το ότι είχε υποβάλει τις δύο παραιτήσεις για συνταξιοδότηση. Έτσι λόγω της συμμετοχής του στη διαδήλωση και λόγω της σύλληψης - δίωξης έχει εγκλωβιστεί, έχει τεθεί σε αργία και δεν μπορεί να προχωρήσει τις διαδικασίες συνταξιοδότησης του.
Ο Ματθαίος Φιλιππάκης μιλά για όλα αυτά στη συνέντευξη αυτή, περίπου μία εβδομάδα πριν τη δίκη του στα δικαστήρια Νεάπολης, από την οποία θα κριθεί σε μεγάλο βαθμό και η συνέχιση η μη της υπηρεσιακής του δίωξης.
Το Εργατικό Κέντρο Λασιθίου, Σωματεία του ιδ. και δημόσιου τομέα και Κινήσεις Πολιτών έχουν απευθύνει κάλεσμα για συμπαράσταση στο Μ. Φιλιππάκη και στο υιο του Γιώργο την Πέμπτη 6/6/13 στα δικαστήρια Νεάπολης.