Με την υπ΄ αρίθμ. 1469/2016 απόφασή τους οι σύμβουλοι Επικρατείας έκριναν ότι οι διατάξεις της υπουργικής απόφασης που αφορούν «το θεσμό του κλινικού καθηγητή προσκρούουν στο Σύνταγμα και ειδικότερα στις αρχές της Ακαδημαϊκής ελευθερίας και της αυτοδιοίκησης των ΑΕΙ που κατοχυρώνονται στις διατάξεις του άρθρου 16 του Συντάγματος, όσο και προς τις αρχές της ισότητας και της ελεύθερης ανάπτυξης της προσωπικότητας και σταδιοδρομίας εκάστου κατά το λόγο της προσωπικής του αξίας, εφόσον με την εισαγωγή του θεσμού αυτού το εκπαιδευτικό και διδακτικό έργο των Ιατρικών Σχολών επιτελείται πλέον από πρόσωπα που παρουσιάζουν ανομοιογένεια από άποψη προσόντων, καθηκόντων και ευθύνης».

Στο ΣτΕ είχαν προσφύγει Πανεπιστήμια, Σύλλογοι καθηγητών ΑΕΙ, καθηγητές ιατρικής, και άλλοι ζητώντας να ακυρωθεί η υπ΄ αριθμ. Υ10α/Γ.Ποικ. 42832/2012 απόφασης των υπουργών Υγείας και Παιδείας για την «απονομή τίτλου κλινικού καθηγητή σε ιατρούς του ΕΣΥ με βαθμό συντονιστή διευθυντή».