Σε συνέντευξή της στο ραδιόφωνο των Παραπολιτικών τόνισε πως η Εκκλησία  δεν φτιάχνει τα βιβλία και υποστήριξε ότι θέματα εκπαίδευσης παραμένουν στην αρμοδιότητα του υπουργείου Παιδείας.

Η Μ.Γιαννάκου σημείωσε ότι, όπως είπε και στον υπουργό Παιδείας, οι συζητήσεις με την Εκκλησία είναι καλό να μην γίνονται στο φως της δημοσιότητας και τόνισε ότι μάθημα θρησκευτικών πρέπει να υπάρχει στα σχολεία  λέγοντας ότι οι πανανθρώπινες αξίες θα μπορούν να παίξουν ρόλο μέσα από το μάθημα των θρησκευτικών.